一、舊版N2000色譜工作站與一小部分新款型激光打印機不兼容（如推出的惠普和兄弟牌），目前全新版N2000色譜工作站（SP1版）已不存在這一現象，可以使用上述打印機。
二、 舊版N2000工作站在使用中，峰面積的zen后一位數通常是“0、3、7、2、5、8”，部分字例如“9”很少出現，反過來說明工作站的積分算法是有缺陷的。此現象被有關部門稱之為“037現象”。新版N2000色譜工作站（SP1版）已完*此問題。
三、舊版N2000工作站在使用中，經常出現的色譜峰保留時間*一致的現象，被相關部門認為是工作站分辨率不足。新版N2000色譜工作站（SP1版）已完*這個問題。
 
四、 所有舊版工作站都是使用塑料外殼，所以對外界的干擾信號屏蔽不足，新版N2000色譜工作站（SP1版）采用鋁制外殼，抗干擾能力大大提升，基線的信噪比更強。
五、 現在新購的舊版N2000色譜工作站已不提供保修與升級服務，而全新版N2000色譜工作站（SP1版）購買并網上注冊后（可通過直接注冊、寄信等將注冊信息發到我司統一幫助注冊），可獲得我司對N2000色譜工作站（SP1版）的硬件三年質保，軟件的*升級，即使不注冊也能得到一年的保修（人為因素除外）。
六、 新版N2000色譜工作站（SP1版）和舊版N2000工作站的操作習慣、界面都保持高度一致，以方便新老用戶操作。